Hola, soy nuevo en linux y quería saber sobre que debo estudiar para saber usar la terminal de linux y sus programas 
hola amigo primero puedes descargar la guia que existe metiéndote en DESCARGAR GUIA PDF KALI LINUX ahí te explica como empezar a saber los comando    
y luego tienes que saber los comando de distintas herramientas que existen ahí yo te recomiendo algunas 

ESCANEO DE PUERTOS        nmap -sn -v (y aqui va la direccion ip con /24 para hacer un escaneo de la red 
                                                   y despues nmap -sS -v (la direccion ip sin /24 para ver los puertos habiertos)

HACER UNA EXPLOTACION DE BULNERABILIDAD  metasploit 
con msfconsole 

por consejo personal investiga a estas dos herramientas si vas a comenzar a realizar pruebas de seguridad  
Lo que deseas es GNU, son las herramientas del sistema operativo para operarlo.
Busca los mas comunes y ya puedes ir profundizando poco a poco.
1337 & culture!
Hola. Primero andá a lo básico leyendo salteadamente al menos un manual de linux.  Este es bastante bueno:

[Enlace externo eliminado para invitados]

Y después familiarizate con las estructuras de archivos: 

Estructura de archivos en linux , todos los directorios son también archivos, incluso las unidades y dispositivos los son:
(no recuerdo la fuente, no la anoté)

/bin: programas binarios o ejecutables.        
/etc: archivos de configuración del sistema.   
/home – directorio de inicio. Es el directorio actual predeterminado.
/opt: software opcional o de terceros.
/tmp: espacio temporal, normalmente borrado al reiniciar.
/usr: programas relacionados con el usuario. 
/var: archivos de registro.

/boot: contiene todos los archivos y carpetas de información relacionados con el arranque, como conf, grub, etc.
/dev: es la ubicación de los archivos del dispositivo, como dev/sda1, dev/sda2, etc.
/lib: contiene módulos del kernel y una biblioteca compartida.
/lost+found: se utiliza para encontrar fragmentos recuperados de archivos corruptos.   
/media: contiene subdirectorios donde se insertan los dispositivos de medios de eliminación.
/mnt: contiene directorios de montaje temporales para montar el sistema de archivos.
/proc: es un sistema de pseudoarchivo virtual que contiene información sobre los procesos en ejecución con un ID de proceso o PID específico.
/run: almacena datos de tiempo de ejecución volátiles.
/sbin: programas ejecutables binarios para un administrador.   este 
/srv: contiene archivos específicos del servidor y relacionados con el servidor.
/sys: es un sistema de archivos virtual para que las distribuciones modernas de Linux almacenen y permitan la modificación de los dispositivos conectados al sistema.

Archivo del núcleo de Linux:
/boot/vmlinux: el archivo del kernel de Linux.

Archivos del dispositivo:

/dev/hda: archivo de dispositivo para el primer disco duro IDE.
/dev/hdc: un pseudodispositivo que genera una salida de basura que se redirige a /dev/null.

Archivos de configuración del sistema:

/etc/bashrc: lo utiliza bash shell que contiene valores predeterminados y alias del sistema.
/etc/crontab: un script de shell para ejecutar comandos específicos en un intervalo de tiempo predefinido.
/etc/exports: contiene información sobre el sistema de archivos disponible en la red.

/etc/fstab: información de la unidad de disco y su punto de montaje.
/etc/group – Es un archivo de texto para definir la Información del Grupo de Seguridad.
/etc/grub.conf: es el archivo de configuración del cargador de arranque grub.


/etc/init.d – Script de inicio del servicio.
/etc/lilo.conf: contiene el archivo de configuración del gestor de arranque de lilo.
/etc/hosts – Información de IP y nombres de host correspondientes.
/etc/hosts.allow: 

contiene una lista de hosts a los que se les permite acceder a los servicios en la máquina local.
/etc/host.deny: lista de hosts denegados para acceder a los servicios en la máquina local.
/etc/inittab: proceso INIT y su interacción en los distintos niveles de ejecución.

/etc/issue: permite editar el mensaje previo al inicio de sesión.
/etc/modules.conf: contiene los archivos de configuración de los módulos del sistema.
/etc/motd – Contiene el mensaje del día


/etc/mtab: información de bloques montados actualmente.
/etc/passwd: contiene el nombre de usuario, la contraseña del sistema y los usuarios en un archivo oculto.
/etc/printcap: contiene información de la impresora.
/etc/profile: valores predeterminados de shell Bash.
/etc/profile.d: contiene otros scripts, como scripts de aplicaciones, que se ejecutan después de iniciar sesión.
/etc/rc.d – Evita la duplicación de scripts
/etc/rc.d/init.d – Ejecutar secuencia de comandos de inicialización de nivel.
/etc/resolv.conf: DNS utilizado por System.
/etc/security: contiene el nombre de los terminales en los que es posible iniciar sesión como root.
/etc/skel: secuencia de comandos que inicia el nuevo 
directorio de inicio del usuario.
/etc/termcap: un archivo ASCII que define el comportamiento de diferentes tipos de terminales.
/etc/X11: el árbol de directorios contiene todos los archivos conf para el sistema X-window

Archivos relacionados con el usuario:
/usr/bin: contiene la mayoría de los archivos ejecutables.
/usr/bin/X11 – Enlace simbólico de /usr/bin.
/usr/include: contiene archivos de inclusión estándar utilizados por el programa C.
/usr/share: contiene archivos de texto compartibles independientes de la arquitectura.
/usr/lib: contiene archivos de objetos y bibliotecas.


/usr/sbin – Contiene comandos para Superusuario, para Administración del Sistema

Archivos relacionados con procesos virtuales y pseudoprocesos:
/proc/cpuinfo – Información de la CPU
/proc/filesystems: mantiene la información útil sobre los procesos que se están ejecutando actualmente.
/proc/interrupts – mantiene la información sobre el número de interrupciones por IRQ.

proc/ioports: contiene todas las direcciones de entrada y salida utilizadas por los dispositivos en el servidor.
/proc/meminfo: informa la información de uso de la memoria.
/proc/modules – Actualmente usando el módulo kernel.

/proc/mount: información del sistema de archivos montado.
/proc/stat: muestra las estadísticas detalladas del sistema actual.
/proc/swaps: contiene información del archivo de intercambio.

Archivo de información de la versión:
/versión: muestra la información de la versión de Linux.
Archivos de registro:
/var/log/lastlog: almacena la última información de inicio de sesión del usuario.
/var/log/messages – Tiene todos los mensajes del sistema
global.
/var/log/wtmp: mantiene un historial de información de inicio y cierre de sesión.
Para verificar los directorios de Linux, abra la terminal y ejecute sudo -s seguido de la contraseña del sistema para otorgar privilegios de root. Luego, después de cambiar el directorio de inicio actual al directorio raíz y verifique la lista de todos los directorios 
disponibles en el directorio base como se muestra a continuación.

 
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