Una tarea no presencial que mandarón como ejercicio obligatorio de seminario en mi facultad.

/**
 * Write a description of class MagicSquare here.
 * 
 * @author (Esteban Montes) 
 * @version (a version number or a date)
 */

import java.util.Random;

public class MagicSquare
{
    public static final int MAX_DIM = 10;//10x10
    public static final int DEFAULT_DIM = 5;
    
    private int[][] dim;
    
    public MagicSquare()
    {
        this.setDim(new int[DEFAULT_DIM][DEFAULT_DIM]);
        //int[][] dim = {{1,14,14,4},{11,7,6,9},{8,10,10,5},{13,2,3,15}};
        //this.dim = dim;
    }
    
    public MagicSquare(int dimension)
    {
        this.setDim(new int[dimension][dimension]);
    }
    
    public int[][] getDim()
    {
        return dim;
    }
    
    private void setDim(int[][] dim)
    {
        if(dim.length <= MAX_DIM)
            this.dim = dim;
    }
    
    /**
     * Method fillSquare
     * Fill the matrix with random numbers between 1 and dim^2
     */
    public void fillSquare()
    {
        Random randomNumber = new Random();
        for(int i=0; i<this.getDim().length; i++){
            for(int j=0; j<this.getDim().length; j++){
                dim[i][j] = randomNumber.nextInt((this.getDim().length*this.getDim().length));
            }
        }
    }
    
    public void placeNumber(int row, int column, int number)
    {
        dim[row][column] = number;
    }
    
    public boolean isMagicSquare()
    {
        if(this.rowSum() == this.colSum() && this.rowSum() == this.diagSumL() && this.rowSum() == this.diagSumR())
            return true;
        else
            return false;
    }
    
    private int rowSum()
    {
        int[] sums = new int[this.getDim().length];
        int sum = 0;
        
        for(int i=0; i<this.getDim()[0].length; i++){
            for(int j=0; j<this.getDim().length; j++){
                sum+=this.getDim()[i][j];
            }
            sums[i] = sum;
            sum = 0;
        }
        
        int aux = sums[0];
        for(int i=1; i<sums.length; i++){
            if(sums[i] == aux)
                aux = sums[i];
            else
                aux = 0;
        }
        return aux;
    }
    
    private int colSum()
    {
        int[] sums = new int[this.getDim().length];
        int sum = 0;
        
        for(int i=0; i<this.getDim()[0].length; i++){
            for(int j=0; j<this.getDim().length; j++){
                sum+=this.getDim()[j][i];
            }
            sums[i] = sum;
            sum = 0;
        }
        
        int aux = sums[0];
        for(int i=1; i<sums.length; i++){
            if(sums[i] == aux)
                aux = sums[i];
            else
                aux = 0;
        }
        return aux;
        
    }
    
    private int diagSumL()
    {
        int sum = 0;
        for(int i=0; i<this.getDim().length; i++){
            sum+=this.getDim()[i][i];
        }
        
        return sum;
    }
    
    private int diagSumR()
    {
        int sum=0;
        int aux=this.getDim().length-1;
        for(int i=0; i<this.getDim().length; i++){
            sum+=this.getDim()[i][aux-i];
        }
        
        return sum;
    }
    
}

Falta el método showSquare() xD

Aquí dejo una posible solución:

public static void main(String[] args) {
	// TODO Auto-generated method stub
	int MAX = 4;	// Número máximo de dígitos
	char fill = ' ';
	
	int[][] dim = {{1000, 1000, 1000}, {2, 400, 999}, {3, 0, 300}};
	char[] celda = new char[MAX+1];	// Añade una separación entre columnas
	
	for (int k = 0; k < celda.length; k++)
		celda[k] = fill;
	
	for (int i = 0; i < dim.length; i++){
		for (int j = 0; j < dim[i].length; j++){
			char[] num = Integer.toString(dim[i][j]).toCharArray();
			int m = (MAX-num.length)/2;	// Calcula la posición inicial de num
			for (int k = 0; k < num.length; k++)
				celda[m+k] = num[k];
			System.out.print(new String(celda));
			for (int k = 0; k < num.length; k++)
				celda[m+k] = fill;
		}
		System.out.println();
	}
}

El dim que he puesto es de ejemplo, para ver cómo quedaría el resultado final. El array celda es una técnica para evitar redimensiones de String (muy costosas), y podemos usarla porque sabemos de antemano la longitud de cada celda.

Un saludo amigo!